Des produits sains, de qualité, pour satisfaire les consommateurs : les recherches menées sur le centre de Versailles-Grignon s’inscrivent dans cette logique. Elles abordent notamment les questions de sécurité microbiologique et chimique des aliments et l’élaboration de la qualité au cours de la transformation des produits.

Les chercheurs s’attachent à mieux comprendre le mode de vie et les interactions entre les microorganismes présents dans nos aliments. Cela permet à la fois de mieux maîtriser la fabrication des produits fermentés, de favoriser l’action des microorganismes impliqués dans le goût et l’arôme des aliments (produits laitiers notamment) et à l’inverse, de lutter contre le développement de microorganismes pathogènes.

L’étude globale des génomes permet aux chercheurs de mieux comprendre l’écologie et l’évolution des différentes espèces de micro-organismes, le pouvoir pathogène de bactéries ou champignons s’attaquant aux plantes ou à l’homme, ou de mieux maîtriser l’utilisation de bactéries d’intérêt agroalimentaire ou industriel. Cette étude globale des génomes est aussi mise en oeuvre de façon plus fondamentale dans le but de découvrir les principes de régulation de l'expression des fonctionnalités codées dans le génome.

La qualité des aliments transformés dans l’industrie agroalimentaire fait l'objet d'études spécifiques : techniques de séparation (filtration, distillation) et de stabilisation (congélation, lyophilisation) associées aux biotransformations.