Les recherches des centres Inra d'Ile-de-France couvrent les trois grands champs d'intervention de l'Inra sur les trois domaines de  recherche de l'Inra :

• l'alimentation et ses effets sur la santé,
• la connaissance de l'environnement et des moyens de le préserver,
• le développement d'une agriculture innovante et durable.

La présence d'un important dispositif en sciences sociales favorise des approches transdisciplinaires et intégrées, au service des finalités de l'Inra.
Les disciplines fondamentales occupent une place importante, notamment la biologie animale, végétale, la microbiologie, ainsi que la bioinformatique et les mathématiques appliquées.

Parmi l'ensemble des recherches menées, cinq opérations de recherche sont considérées comme particulièrement structurantes et prioritaires :

Micalis, microbiologie de l'alimentation au service de la santé humaine
Physiopôle, pôle Biologie du développement
PlantNetParis, réseau de biologie végétale
Eger, environnement et gestion de l'espace régional
PAP pôle d'alimentation parisien 
 

Les centres Inra de l'Ile-de-France ont développé des partenariats dans la région, en particulier avec des laboratoires de recherche et des établissements d'enseignement supérieur.
La Région et les Conseils Généraux soutiennent financièrement leurs activités de recherche.
Les chercheurs participent à l'enseignement supérieur et contribuent au développement de la culture scientifique.