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LeptoLife : explorer les phases cachées du cycle infectieux de Leptospheria maculans, responsable du phoma du colza

Le lancement du projet LeptoLife, consacré à la biologie assistée par la génomique et financé par France Génomique, s’est déroulé à Evry le 11 février 2014.

Ascospores de Leptospheria maculans, champignon responsable de la maladie de la nécrose du collet du colza ou phoma du colza,  germant sur feuille de colza en microscopie électronique. © MH Balesdent and N. Wolff
Mis à jour le 17/02/2014
Publié le 13/02/2014

A l’échelle mondiale, le phoma est l’une des maladies les plus préjudiciables au colza. Encore appelé maladie de la nécrose du collet du colza, il est responsable d’une diminution de rendement pouvant aller jusqu’à 50 %. Alors que la lutte chimique est peu efficace, la sélection et l'utilisation de variétés de colza naturellement résistantes au champignon responsable de l’infection, Leptosphaeria maculans, constituent une approche largement utilisée. Toutefois, si les gènes du champignon ou de la plante qui gouvernent les phases primaires du cycle infectieux sont relativement faciles à étudier, les gènes mobilisés au cours des phases tardives sont encore méconnus.

Coordonné par Thierry Rouxel, directeur de recherche au sein de l’UR Biologie et gestion des risques en agriculture - Champignons pathogènes des plantes (Inra Versailles-Grignon), le projet LeptoLife vise à analyser systématiquement, par RNAseq, les gènes mobilisés dans l’ensemble des phases du cycle vital et du cycle infectieux de L. maculans en interaction avec sa plante hôte et son microbiome associé. Il a également pour perspective d’étudier l’ensemble des gènes exprimés par le colza, sensible ou résistant, lors de l’infection.

Le projet LeptoLife mobilise les compétences de plusieurs équipes de recherche

  • UR Biologie et gestion des risques en agriculture - Champignons pathogènes des plantes (UR Bioger-CPP) et UMR Génomique végétale (UMR GV), Inra Versailles-Grignon ;
  • UMR Institut de génétique, environnement et protection des plantes (IGEPP), Inra Rennes ;
  • Genoscope, Evry.

 Il s’appuie sur les outils de génomique d’ores et déjà disponibles, développés dans le cadre de travaux auxquels a contribué l’Inra, parmi lesquels les génomes de référence de L. maculans et de L. biglobosa (UR Bioger-CPP), du colza (Brassica napus), du chou chinois (B. rapa) et du chou potager (B. oleracea) (UMRGV, IGEPP).

Le projet LeptoLife a été retenu par le Comité scientifique de France Génomique, dans le cadre de l’Appel à projets 2013 « Grands projets de séquençage ».

Créée grâce à un financement « Investissements d’avenir », France Génomique rassemble et mutualise les ressources des plateformes françaises les plus performantes de génomique et de bio-informatique au sein d’un consortium dont les partenaires sont le CEA (coordinateur), l’INRA, le CNRS, l’Inserm, l’Institut Pasteur, la Fondation Paris Sciences & Lettres, le Centre européen de recherche en biologie et médecine (CERBM-GIE, Strasbourg).