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Séquençage du génome du chou chinois

Un consortium international de chercheurs incluant une équipe de l’Inra Versailles-Grignon et coordonné par le Beijing Genome Institute (BGI) a annoncé le déchiffrage du génome du chou chinois (Brassica rapa). Ces recherches s’inscrivent pour la France dans un projet plus ambitieux de séquençage mené par l’Inra, du génome du colza (Brassica napus), première espèce cultivée en Europe pour son huile. Prévu pour 2012, le déchiffrage du génome du colza ouvrira la voie à l’obtention de variétés plus résistantes aux maladies, parasites et aléas climatiques, et plus riches en huile.

Colza hybride Synergy (coobtention INRA SERASEM). © WEBER Jean
Mis à jour le 19/05/2015
Publié le 18/10/2011

Bien que morphologiquement très différentes, des espèces comme le colza, le chou, la navette (ou chou chinois), le brocoli, le chou-fleur ou encore la moutarde sont très proches génétiquement et appartiennent au même genre des Brassica. Ensemble, ces différentes espèces produisent plus de 12 % des huiles végétales et plus de 10% des légumes dans le monde. La culture du colza se situe au deuxième rang mondial des oléagineux après celle du soja et constitue la première espèce européenne cultivée pour l’huile ; la production a presque doublé ces 15 dernières années. Le colza est également une source importante de protéines pour l’alimentation animale.

L’Inra conduit depuis 2009 un programme de séquençage du génome entier du colza d’hiver, financé par l’Agence nationale pour la Recherche (ANR). Ce projet, coordonné par une équipe Inra de l’Unité de recherche en Génomique végétale (URGV), associe des équipes de l'Inra (Rennes et Versailles-Grignon) et du CEA (1) et est réalisé en collaboration avec des scientifiques internationaux et des sélectionneurs et améliorateurs du colza du secteur privé.

Suite à un événement de polyploidisation fréquent dans le monde végétal, le colza contient deux génomes complets provenant de deux espèces parentales : le chou chinois et le chou méditerranéen (Brassica oleracea). Ce dernier constitue un groupe composé de nombreuses sous-espèces (brocoli, chou-fleur, chou romanesco…). Fort de son double génome, le colza possède environ 80 000 gènes. Grâce à sa participation au séquençage du génome du chou chinois, l’équipe française accède à l’ensemble de ses 41 000 gènes, soit environ la moitié de ceux du colza.

Cultivé depuis relativement peu de temps, le colza présente un fort potentiel d’amélioration. Le déchiffrage de son génome fournira aux améliorateurs et sélectionneurs des outils pour améliorer la culture de cette espèce et le développement de nouvelles variétés. Outre les facteurs de résistance aux maladies, aux aléas climatiques et autres, l’augmentation de la teneur en huile et l’accroissement des rendements constituent des voies d’amélioration.

En séquençant le du génome du colza, les chercheurs de l’Inra contribuent également à l’étude d’un modèle utile à la compréhension de la polyploïdie récurrente chez les plantes et des conséquences de ce mécanisme important de leur évolution.

(1) Unité mixte de recherche « Amélioration des plantes et biotechnologies végétales », Unité de service Inra « Etude du Polymorphisme des génomes végétaux », CEA-Génoscope.

REFERENCE

Xiaowu Wang, Hanzhong Wang, Jun Wang, Rifei Sun, Jian Wu, et al. The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. Nature Genetics, 28 août 2011. doi:10.1038/ng.919